С 2001 года Кирилл Геннадиевич Щербаков является практикующим пластическим хирургом. Профессиональную карьеру начинал в медицинском центре «Хирургия Красоты». В 2007 году принял приглашнеие Санкт-Петербургского Института Красоты, где три года спустя стал заведующим отделением.
В пластической хирургии специализацией К. Г. Щербакова является ринопластика, маммопластика и другие операции, направленные на улучшение эстетики тела. Как пластический хирург участвовал в телевизионном шоу «Страшно красивые» и помог обрести внутреннюю и внешнюю гармонию десяти участницам проекта.
С 2003 года К. Г. Щербаков ведет активную научную и преподавательскую деятельность. В качестве слушателя и докладчика регулярно участвует в международных конференциях.